柬埔寨位于北回归线以南，是典型的热带季风气候国家，土地肥沃、雨量充沛、气候炎热，十分利于各种植物的生长。20世纪60年代末，柬埔寨的森林覆盖率曾高达73％，森林面积达公顷。70年代以后，由于政治局势不稳定，乱砍滥伐林木的情况十分普遍，木材既是政府的财政收入，也是反政府武装的经济来源，因此柬埔寨的林业资源遭到了巨大破坏，截至年，森林覆盖率降至49％，面积也退减至万公顷，原始森林存约万公顷，木材蓄积量约82.13亿立方米。柬埔寨王国政府成立后，采取了各种措施保护林业资源，包括通过《森林法》保护森林，严厉打击非法盗伐，建立苗圃站培育树苗等等。但由于资金投入有限，偷伐林木现象严重，伐木出口赚钱还成为众多贪官污吏中饱私囊的途径，使森林资源迅速减少，而且还严重破坏了生态环境，近年来水土流失现象日益严重。
柬埔寨的木本、藤本和草本植物近千余种，贵重的热带林木树种有柚木、铁木、紫檀、卯木、观丹木等。柬埔寨林木在各个地区分布不同：东部高地生长着茂密的落叶林和草地；北部多山地区，生长着常绿阔叶林，树身高大挺拔，通常高达30米以上，还生长着棕榈树、灌木、竹子、葡萄藤蔓、藤条等各种各样的木本和草本植物；在西南部的高山，海拔较高的地区覆盖着稀疏的针叶林；而在多雨的临海的斜坡上，则覆盖着原始森林，高度一般在45米左右；在沿暹罗湾海岸的狭长地带，生长着常绿林和红树林，红树林树身高大，生长迅速，一般高约30～40米，不但可以作为建筑材料，还是当地居民主要的燃料来源。柬埔寨河流众多，水力资源十分丰富，但由于长期战乱，经济发展落后，缺乏技术和资金，水力资源并未获得充分有效地开发利用。
柬埔寨第一大河湄公河蕴藏着丰富的水能。在湄公河上游的上丁省和桔井省约千米的流域水流湍急，落差较大，可以利用的水力发电潜能巨大。而在东北部、西北部和西南部高原地带的一些河流也蕴藏着较为丰富的水力资源。目前柬埔寨已建有少数大型水力发电站和众多的小型水电站。此外，湄公河也是柬埔寨的主要水道，在柬埔寨境内长约千米。柬埔寨、老挝边界至桔井一段，雨季可通航吃水5米的船只。金边以下直到出海口可全年通航。涨水期可通航0吨海轮，低水位期间可通航吨的海轮。湄公河担负着柬埔寨内河航运最主要的任务，在内河航运中占有非常重要的地位。其重要河港有金边港和磅湛港等。柬埔寨境内的湄公河位于热带季风气候区，河流水位受季节的影响很大。
雨季水位高，流量大，旱季则反之。每年9～10月间水位最高。有关资料表明，湄公河在金边一段的最高水位为11.08米（年），最低水位为1.43米（年），水位悬殊近8倍。整个雨季期间，湄公河的平均洪水流量为3.9万立方米/秒，全年平均流量为1.1万立方米/秒。湄公河构成了柬埔寨最主要的水系网络，其绝大部分河流最终都汇入湄公河，并在越南南方注入南中国海。湄公河在金边附近分成两支，大体并行向东南流经越南南方而注入南中国海。其中一条称后江，又名巴萨克河；另一条称前江，是金边出海口的主要通道。